A Área de Proteção Ambiental Alter doChão tem por objetivo ordenar a ocupação das terras de modo a promover a proteção da diversidade biológica, dos recursos hídricos, do patrimônio natural, com vistas a assegurar o caráter sustentável da ação antrópica na região. 
A APA Alter do Chão foi criada pelo Decreto Lei Nº 17.771 de 02 de Julho de 2003 e compreende uma área de 16.180 ha. É parte integrante da Gleba Mojuí dos Campos com o seguinte memorial descritivo: o limite sul coincide com a divisa entre os Municípios de Santarém e Belterra, partindo do ponto PD-10, situado às margens do lago Jurutuí, à foz do igarapé Jurutuí de coordenadas geográficas aproximadas: latitude 02º32‘58‖S e longitude 54º58‘08‖ W e no limite norte coincide com à margem direita do rio Tapajós no ponto PD 01, de coordenadas geográficas aproximadas: latitude 02º32‘58‖S e longitude 54º58‘08‖ W, totalizando um perímetro aproximado de 67.393,10m.
No dia 25 de abril de 2011, foi criado o Conselho Gestor da APA, através do Decreto n° 072/2011. O conselho possui caráter consultivo e deliberativo, tem como objetivo, promover o gerenciamento participativo e integrado a APA Alter do Chão, além de implementar as políticas e diretrizes nacionais, estaduais e municipais de proteção do meio ambiente e do Sistema Nacional de Unidades de Conservação articuladas com as políticas sociais, econômicas e culturais.
O Conselho Gestor é composto por dez representantes e seus respectivos suplentes, Ambiente-SEMMA, Agência Distrital de Alter do Chão – ADA e Secretaria Municipal de Desenvolvimento e Turismo – SEMDETUR; dois representantes de Instituição Pública de Ensino Superior: Universidade Estadual do Pará – UEPA e Universidade Federal do Oeste do Pará – UFOPA; Representantes da Sociedade Civil: um representante do Conselho de Desenvolvimento Comunitário da Vila de Alter do Chão, um representante da Associação Indígena Borari de Alter do Chão, um representante da comunidade de Ponta de Pedras, um representante da comunidade do ramal Laranjal e um representante da comunidade de eixo forte.